Fuente Álamo forma parte de la Cuenca del Mar Menor, separada de las cuencas del Segura y del Guadalentín por las sierras de Columbares, Almenara y Carrascoy. La villa de Fuente Álamo, núcleo central del término y cabeza de municipalidad se halla enclavada en un valle, rodeado por las sierras del Algarrobo, La PInilla, los Gómez, los Victorias, Cabezos de Tallante y Carrascoy.
El relieve de la zona es irregular, con una amplia llanura central y nororiental, surcada por numerosas ramblas, estando el resto ocupado por elevaciones montañosas entre las que destaca la Peña del Águila en la Sierra de Carrascoy. La llanura central es una cuenca de sedimentación que hace millones de años estuvo cubierta por las aguas continentales, como se confirma por la aparición de abundantes fósiles en las cercanías de Corvera y en la zona de La Pinilla (Majar de Gracia).
El clima es de la serie termomediterránea, con temperatura media anual superior a los 17º. Pertenece a la zona árida-semiárida de la región, con precipitaciones anuales por debajo de los 250-300 mm. Los meses de Diciembre a Febrero suelen presentar temperaturas mínimas por debajo de 0º, con ocasionales heladas.
La vegetación es del tipo del matorral, con espartales o albardinales, pastizales o tomillares. En las praderas encontramos las margaritas, el vinagrillo, las corrihuelas y en las ramblas son frecuentes los baldres, las alzabaras, tarays y carrizos. De las zonas boscosas persisten algunas pinadas como el Majar de Gracia y escasas carrascas en la zona sombría de Carrascoy